Le Roi d'Hyrule envoie Link dans une quête incroyable qui va l'emmener dans des endroits qu'il n'a jamais imaginés. Grâce aux pouvoirs d'un drôle de chapeau qui s'appelle le Minish Cap, Link peut se faire tout petit et ainsi explorer le monde magique des Minish, un peuple minuscule qui vit sous ses pieds !

Parachuté dans un monde parallèle à cause du mystérieux Skull Kid, Link se retrouve dans un monde en proie à un grave danger. Les pouvoirs occultes du Masque de Majora, un étrange objet de relique, sèment le trouble parmi les citoyens de Termina mais surtout menacent de faire tomber la lune sur le monde. Link n'a que 72 heures pour trouver le moyen d'arrêter la chute de l'astre de la nuit.

Lorsqu'il était enfant, Link s'est fait berner par Ganondorf, le roi des voleurs Gerudo. Ganondorf, humain odieux et perfide s'est servi de Link pour obtenir l'accès au Royaume Sacré et mettre la main sur la Triforce et ainsi transformer le magnifique monde d'Hyrule en un monde désolé. Link se résoud à résoudre les problèmes qu'il a contre sa volonté contribué à créer. Armé de son Ocarina magique, il voyage à travers le temps pour rassembler les pouvoirs des sept sages.